1204年，第一次锡斯主教会议解除了不许表现救世主和圣徒形象的禁令，接踵而至的便是装饰绘画的繁荣。它不仅装饰了新建的教堂，也装点了从前的古迹。这种艺术形式相对于亚美尼亚人的审美习惯来说是陌生的。他们长期受到反对偶像崇拜的伊斯兰教徒统治，所以艺术就相当抽象。这迫使赞助人在开初的时候求助干格鲁吉亚的天才画家。格鲁吉亚人受拜占庭艺术的影响很大，他们把图像志和风格传入了亚美尼亚。有两个教堂的壁画整体保存完好：其一是12世纪末(有学者认为是13世纪)的科巴尔大教堂；其二是1215年提格兰.霍嫩兹在阿尼修建的圣格列高利教堂。它们都是格鲁吉亚人的作品，追随着同时代的拜占庭艺术：半圆形后堂的壁画布局沿袭了11世纪以来拜占庭与格鲁吉亚的传统。上部表现的是宝座上的圣母子、三神像，下接使徒相通；下部则是尘世的教团，由教会圣师、执事和若干主保圣人组成。

圣格列高利教堂表现了正教会的韦日庆典和圣徒传说，西臂完全奉献给了圣格列高利，依照阿加坦格罗斯的编年撰述表现其生平。有趣的是作者并没有忠实于文本，例如在《格列高利的幻觉》旁边，他加上了格鲁吉亚的福音传道者—圣女尼诺。她祈祷着创建教会时顶梁柱屹立不倒。而且这个幻象占据着上佳的位置，正对跨人教堂的信徒。虽然从铭文上看赞助人是亚美尼亚族，但画师看来却是格鲁吉亚人无疑。强烈的表现主义色彩、古拙的风格、石青色底子的厚重、整体的和谐、精致的笔法都对应于格鲁吉亚的传统，让人联想到13世纪初格鲁吉亚步人巅峰时期的杰作。另外，若干年后人们还请来希腊画师装饰该教堂的灵堂。圣格列高利教堂的壁画接近阿尼的另一座教堂—巴赫塔格克教堂，风格布局如出一辙，只是后者的画面要活跃一些。